Lebesby skole har tidligere vært internatskole i tre ulike perioder fra 1947 til 1980. Elevene kom da fra hele Laksefjorddistriktet.  
Det første internatdriften startet opp i 1947, og hadde da totalt 30 elever. Internatet bestod da av to brakkebygninger hvor det ene ble benyttet til undervisning og det andre som internat. I 1955 ble det nye internatet tatt i bruk, med siste byggetrinn ferdig i 1967. På det meste var det 105 elever på internatet.

Før 1955 var det også et internat i Ifjord. Der bodde barn fra Ifjord, Godvik, Friarfjord og fra vestsiden av Laksefjorden. På det meste hadde internatet i Ifjord 30 elever.

Skolebygget på Lebesby, slik det står i dag, var ferdigstilt i 1967, med svømmebasseng og gymsal. Bygget er endret innvendig midt på 1990-tallet for å romme barnehage og egen personalfløy. Senere er det og bygd nytt skolekjøkken i tilknytning til gymsalen.